Последний репортаж Агалаковой на «Первом канале» вышел 17 февраля 2022 года. 3 марта на фоне российского вторжения на Украину подала заявление об увольнении с канала; официально уволена 17 марта. 22 марта на пресс-конференции в организации «Репортёры без границ» в Париже назвала причиной своего увольнения вышеупомянутые события.

После ухода с телевидения живёт во Франции, из журналистики ушла, в качестве режиссёра снимала документальный фильм о России. 27 мая в программе BBC Newsnight[англ.] заявила, что российское ТВ является «машиной по промывке мозгов» и выразила пожелание, чтобы россияне перестали его смотреть. По мнению Агалаковой, картина событий, подаваемая российским ТВ, напоминает «другую планету», на которой российские войска на Украине встречают цветами, при этом зрители всего мира видят смерть и трагедию, происходящую в стране.

После объявления частичной мобилизации 21 сентября 2022 года вернула все свои российские государственные награды с запиской Владимиру Путину, в которой заявляет, что правительство Путина «ведёт страну к гибели» и что его награды она считает неприемлемыми. На соседнем фото она показала почтовую квитанцию на бандероль с адресом «Москва, Кремль, Владимиру Путину», которой отправила награды и удостоверения к ним.